convmvコマンドを使うとよい。Debian/Ubuntuにはパッケージがあった。 例えば、シフトJISから UTF-8 に変換するには、まず以下のコマンドを発行して、変換されるファイルと変換後のファイル名が正しいか確認する。
% convmv -r -f sjis -t utf8 *
これでよければ、--notest オプションをつけて実際に変換する。
% convmv -r -f sjis -t utf8 * --notest
情報源:ファイル名の文字コードを変換するには