R を用いた画像処理に関するページです †EBImage のインストール †EBImageInstallation - rimagebook - Image processing utility package for R - Google Project Hosting のやり方 †Ubuntu 12.04 の場合 $ sudo apt-get install imagemagick libmagickcore-dev libmagickwand-dev libgtk2.0-dev gtk2-engines-pixbuf
ライブラリがインストールされているか、以下のコマンドで確認する。 $ pkg-config gtk+-2.0 --libs -lgtk-x11-2.0 -lgdk-x11-2.0 -latk-1.0 -lgio-2.0 -lpangoft2-1.0 -lpangocairo-1.0 -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo -lpango-1.0 -lfreetype -lfontconfig -lgobject-2.0 -lglib-2.0 $ Magick-config --libs -L/usr/lib -lMagickCore -llcms -ltiff -lfreetype -ljpeg -llqr-1 -lglib-2.0 -lfontconfig -lXext -lSM -lICE -lX11 -lXt -lbz2 -lz -lm -lgomp -lpthread -lltdl R のパッケージの一つである abind をインストールする.R を起動して install.packages() 関数を使ってインストールする.ダウンロードするミラーサーバを聞かれるので、適当なサーバを選択する. $ sudo R R version 2.15.2 (2012-10-26) -- "Trick or Treat" Copyright (C) 2012 The R Foundation for Statistical Computing ISBN 3-900051-07-0 Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) 略 > install.packages("abind") パッケージを ‘/usr/local/lib/R/site-library’ 中にインストールします 略 ダウンロードされたパッケージは、以下にあります ‘/tmp/RtmpD0yB64/downloaded_packages’ > いったんRを終了し,次のコマンドでEBImageのダウンロードとインストールを行う。 > quit() $ wget http://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/src/contrib/EBImage_4.1.1.tar.gz $ sudo R CMD INSTALL EBImage_4.1.1.tar.gz * installing to library ‘/usr/local/lib/R/site-library’ [#s3f98889] ERROR: dependencies ‘tiff’, ‘jpeg’, ‘png’ are not available for package ‘EBImage’ * removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/EBImage’ [#rd7f76e3] EBImage-4.1.1 では abind の他に tiff, jpeg, png パッケージが必要なようだ。 $ sudo R > install.packages("tiff") > install.packages("jpeg") > install.packages("png") > quit() $ sudo R CMD INSTALL EBImage_4.1.1.tar.gz Bioconductor - EBImage の方法 †$ sudo R > source("http://bioconductor.org/biocLite.R") > biocLite("EBImage") URL 'http://bioconductor.org/packages/2.11/bioc/src/contrib/EBImage_4.0.0.tar.gz' を試しています Content type 'application/x-gzip' length 4040214 bytes (3.9 Mb) 開かれた URL ================================================== downloaded 3.9 Mb しかし、この方法では EBImage-4.0.0 と古いバージョンがインストールされるので、別途最新版をダウンロードしてアップグレードした方がいいかもしれない。 biOpsのインストール †biOpsInstallation - rimagebook - Image processing utility package for R - Google Project Hosting に詳しい解説あり。 biOpsはlibfftw3とlibtiffとlibjpegに依存するので、以下のコマンドを実行してライブラリをインストールする。 $ sudo apt-get install libfftw3-dev libtiff4-dev libjpeg62-dev
以下のパッケージには満たせない依存関係があります:
libjpeg-turbo8-dev : 競合: libjpeg62-dev しかし、6b1-2ubuntu1 はインストールされようとしています
E: エラー、pkgProblemResolver::Resolve は停止しました。おそらく変更禁止パッケージが原因です。
というエラーが出てしまう。libjpeg のパッケージが悪さをしているようだが、既にいくつか JPEG 関連のパッケージがインストールされているので、これをはずしてやってみる。 $ sudo apt-get install libfftw3-dev libtiff4-dev libjpeg62-dev $ sudo R > install.packages("biOps") RImageBook のインストール † |