R/画像処理

R を用いた画像処理に関するページです †

EBImage のインストール †

EBImageInstallation - rimagebook - Image processing utility package for R - Google Project Hosting のやり方 †

Ubuntu 12.04 の場合
必要な外部ライブラリとして pkg-config と ImageMagick、gtk2 をインストールする。

$ sudo apt-get install imagemagick libmagickcore-dev libmagickwand-dev libgtk2.0-dev gtk2-engines-pixbuf

ライブラリがインストールされているか、以下のコマンドで確認する。

$ pkg-config gtk+-2.0 --libs
-lgtk-x11-2.0 -lgdk-x11-2.0 -latk-1.0 -lgio-2.0 -lpangoft2-1.0 -lpangocairo-1.0 -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo -lpango-1.0 -lfreetype -lfontconfig -lgobject-2.0 -lglib-2.0  
$ Magick-config --libs
-L/usr/lib -lMagickCore -llcms -ltiff -lfreetype -ljpeg -llqr-1 -lglib-2.0 -lfontconfig -lXext -lSM -lICE -lX11 -lXt -lbz2 -lz -lm -lgomp -lpthread -lltdl

R のパッケージの一つである abind をインストールする．R を起動して install.packages() 関数を使ってインストールする．ダウンロードするミラーサーバを聞かれるので、適当なサーバを選択する．

$ sudo R

R version 2.15.2 (2012-10-26) -- "Trick or Treat"
Copyright (C) 2012 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

略

> install.packages("abind")
 パッケージを ‘/usr/local/lib/R/site-library’ 中にインストールします 

略

 ダウンロードされたパッケージは、以下にあります 
 	‘/tmp/RtmpD0yB64/downloaded_packages’ 
> 

いったんRを終了し，次のコマンドでEBImageのダウンロードとインストールを行う。

> quit()

$ wget http://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/src/contrib/EBImage_4.1.1.tar.gz

$ sudo R CMD INSTALL EBImage_4.1.1.tar.gz 
* installing to library ‘/usr/local/lib/R/site-library’ [#s3f98889]
ERROR: dependencies ‘tiff’, ‘jpeg’, ‘png’ are not available for package ‘EBImage’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/EBImage’ [#rd7f76e3]

EBImage-4.1.1 では abind の他に tiff, jpeg, png パッケージが必要なようだ。

$ sudo R
> install.packages("tiff")
> install.packages("jpeg")
> install.packages("png")
> quit()

$ sudo R CMD INSTALL EBImage_4.1.1.tar.gz

Bioconductor - EBImage の方法 †

$ sudo R
> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite("EBImage")

 URL 'http://bioconductor.org/packages/2.11/bioc/src/contrib/EBImage_4.0.0.tar.gz' を試しています 
Content type 'application/x-gzip' length 4040214 bytes (3.9 Mb)
 開かれた URL 
==================================================
downloaded 3.9 Mb

しかし、この方法では EBImage-4.0.0 と古いバージョンがインストールされるので、別途最新版をダウンロードしてアップグレードした方がいいかもしれない。

biOpsのインストール †

biOpsInstallation - rimagebook - Image processing utility package for R - Google Project Hosting に詳しい解説あり。

biOpsはlibfftw3とlibtiffとlibjpegに依存するので、以下のコマンドを実行してライブラリをインストールする。

$ sudo apt-get install libfftw3-dev libtiff4-dev libjpeg62-dev

以下のパッケージには満たせない依存関係があります:
 libjpeg-turbo8-dev : 競合: libjpeg62-dev しかし、6b1-2ubuntu1 はインストールされようとしています
E: エラー、pkgProblemResolver::Resolve は停止しました。おそらく変更禁止パッケージが原因です。

というエラーが出てしまう。libjpeg のパッケージが悪さをしているようだが、既にいくつか JPEG 関連のパッケージがインストールされているので、これをはずしてやってみる。

$ sudo apt-get install libfftw3-dev libtiff4-dev libjpeg62-dev
$ sudo R
> install.packages("biOps")

RImageBook のインストール †