#contents

* R を用いた画像処理に関するページです [#mf95e251]

* EBImage のインストール [#o9e2e057]
** [[EBImageInstallation - rimagebook - Image processing utility package for R - Google Project Hosting>https://code.google.com/p/rimagebook/wiki/EBImageInstallation#Linux]] のやり方 [#e18bb127]

Ubuntu 12.04 の場合~
必要な外部ライブラリとして pkg-config と ImageMagick、gtk2 をインストールする。
<pre>
$ &color(blue){sudo apt-get install imagemagick libmagickcore-dev libmagickwand-dev libgtk2.0-dev gtk2-engines-pixbuf};
</pre>
ライブラリがインストールされているか、以下のコマンドで確認する。
<pre>
$ &color(blue){pkg-config gtk+-2.0 --libs};
-lgtk-x11-2.0 -lgdk-x11-2.0 -latk-1.0 -lgio-2.0 -lpangoft2-1.0 -lpangocairo-1.0 -lgdk_pixbuf-2.0 -lcairo -lpango-1.0 -lfreetype -lfontconfig -lgobject-2.0 -lglib-2.0  
$ &color(blue){Magick-config --libs};
-L/usr/lib -lMagickCore -llcms -ltiff -lfreetype -ljpeg -llqr-1 -lglib-2.0 -lfontconfig -lXext -lSM -lICE -lX11 -lXt -lbz2 -lz -lm -lgomp -lpthread -lltdl
</pre>
R のパッケージの一つである abind をインストールする.R を起動して install.packages() 関数を使ってインストールする.ダウンロードするミラーサーバを聞かれるので、適当なサーバを選択する.
<pre>
$ &color(blue){sudo R};

R version 2.15.2 (2012-10-26) -- "Trick or Treat"
Copyright (C) 2012 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

略

> &color(blue){install.packages("abind")};
 パッケージを ‘/usr/local/lib/R/site-library’ 中にインストールします 

略

 ダウンロードされたパッケージは、以下にあります 
 	‘/tmp/RtmpD0yB64/downloaded_packages’ 
> 
</pre>
いったんRを終了し,次のコマンドでEBImageのダウンロードとインストールを行う。 
<pre>
> &color(blue){quit()};

$ &color(blue){wget http://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/src/contrib/EBImage_4.1.1.tar.gz};

$ &color(blue){sudo R CMD INSTALL EBImage_4.1.1.tar.gz}; 
* installing to library ‘/usr/local/lib/R/site-library’ [#s3f98889]
ERROR: dependencies ‘tiff’, ‘jpeg’, ‘png’ are not available for package ‘EBImage’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/EBImage’ [#rd7f76e3]
</pre>
EBImage-4.1.1 では abind の他に tiff, jpeg, png パッケージが必要なようだ。
<pre>
$ &color(blue){sudo R};
> &color(blue){install.packages("tiff")};
> &color(blue){install.packages("jpeg")};
> &color(blue){install.packages("png")};
> &color(blue){quit()};

$ &color(blue){sudo R CMD INSTALL EBImage_4.1.1.tar.gz};
</pre>

** [[Bioconductor - EBImage>http://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/html/EBImage.html]] の方法 [#z84f3817]
<pre>
$ &color(blue){sudo R};
> &color(blue){source("http://bioconductor.org/biocLite.R")};
> &color(blue){biocLite("EBImage")};

 URL 'http://bioconductor.org/packages/2.11/bioc/src/contrib/EBImage_4.0.0.tar.gz' を試しています 
Content type 'application/x-gzip' length 4040214 bytes (3.9 Mb)
 開かれた URL 
==================================================
downloaded 3.9 Mb
</pre>
しかし、この方法では EBImage-4.0.0 と古いバージョンがインストールされるので、別途最新版をダウンロードしてアップグレードした方がいいかもしれない。

* biOpsのインストール [#l3705a13]
[[biOpsInstallation - rimagebook - Image processing utility package for R - Google Project Hosting>https://code.google.com/p/rimagebook/wiki/biOpsInstallation#Linux]] に詳しい解説あり。

biOpsはlibfftw3とlibtiffとlibjpegに依存するので、以下のコマンドを実行してライブラリをインストールする。
<pre>
$ &color(blue){sudo apt-get install libfftw3-dev libtiff4-dev libjpeg62-dev};

以下のパッケージには満たせない依存関係があります:
 libjpeg-turbo8-dev : 競合: libjpeg62-dev しかし、6b1-2ubuntu1 はインストールされようとしています
E: エラー、pkgProblemResolver::Resolve は停止しました。おそらく変更禁止パッケージが原因です。
</pre>
というエラーが出てしまう。libjpeg のパッケージが悪さをしているようだが、既にいくつか JPEG 関連のパッケージがインストールされているので、これをはずしてやってみる。
<pre>
$ &color(blue){sudo apt-get install libfftw3-dev libtiff4-dev libjpeg62-dev};
$ &color(blue){sudo R};
> &color(blue){install.packages("biOps")};
</pre>

* RImageBook のインストール [#abebd7ae]


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